Sở Tài chính thành lập năm 1975, tiền thân là Ban Tài Mậu tỉnh Nghĩa Bình. Đến năm 1988 hợp nhất Sở Tài chính, Ủy ban Vật giá, Chi cục Thuế công thương nghiệp thành Sở Tài chính – Vật giá tại Quyết định số 1006/QĐ-UB ngày 27/5/1988 của UBND tỉnh Nghĩa Bình và năm 2003 đổi tên Sở Tài chính – Vật giá thành Sở Tài chính Bình Định tại Quyết định số 185/2003/QĐ-UB ngày 21/11/2003 của UBND tỉnh Bình Định.
Sở Tài chính là cơ quan chuyên môn thuộc UBND tỉnh, thực hiện chức năng tham mưu, giúp UBND tỉnh thực hiện chức năng quản lý nhà nước về tài chính; ngân sách nhà nước; thuế, phí, lệ phí và thu khác của ngân sách nhà nước; tài sản nhà nước; các quỹ tài chính nhà nước; đầu tư tài chính; tài chính doanh nghiệp; kế toán; kiểm toán độc lập; lĩnh vực giá và hoạt động dịch vụ tài chính tại địa phương theo quy định của pháp luật.
Chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Tài chính tỉnh Bình Định quy định tại Quyết định số 1649/QĐ-UBND ngày 16/5/2016 của UBND tỉnh tỉnh Bình Định. Trong đó cơ cấu tổ chức của Sở 8 phòng, bao gồm: Văn phòng, Thanh tra và 06 phòng chuyên môn, nghiệp vụ (Phòng Quản lý ngân sách, Phòng Tài chính đầu tư; Phòng Tài chính hành chính sự nghiệp, Phòng Tin học và Thống kê, Phòng Quản lý giá và công sản, Phòng Tài chính doanh nghiệp).
Năm 2018, thực hiện chủ trương của Đảng và Nhà nước về đổi mới, sắp xếp tổ chức bộ máy của hệ thống chính trị tinh gọn, hoạt động hiệu lực, hiệu quả, Sở Tài chính đã xây dựng Đề án sắp xếp, kiện toàn tổ chức bộ máy của Sở và được UBND tỉnh phê duyệt tại Quyết định số 3648/QĐ-UBND ngày 24/10/2018. Theo đó, ngày 01/01/2019, đã hợp nhất phòng Tài chính doanh nghiệp và Phòng Tin học và Thống kê thành Phòng Tài chính doanh nghiệp - Tin học tại Quyết định 320/QĐ-STC ngày 26/11/2018 và có chức năng, nhiệm vụ được quy định tại Quyết định số 321/QĐ-STC ngày 26/11/2018 sửa đổi, bổ sung một số nội dung của Quyết định 2969/QĐ-STC ngày 30/8/2016.
Theo đó, hiện nay Sở Tài chính có 7 phòng bao gồm: Văn phòng, Thanh tra và 05 phòng chuyên môn, nghiệp vụ (Phòng Quản lý ngân sách, Phòng tài chính đầu tư; Phòng Tài chính hành chính sự nghiệp, Phòng Tài chính doanh nghiệp -Tin học, Phòng Quản lý giá và công sản).