Trước đây, ngoài Nghị định số 07/2012/NĐ-CP của Chính phủ quy định về cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành và hoạt động thanh tra chuyên ngành, các ngành như Tài Chính, Nội vụ, Xây dựng, Giáo dục, Giao thông vận tải… được Chính phủ ban hành Nghị định quy định tổ chức và hoạt động thanh tra riêng cho từng ngành. Nay, Chính phủ ban hành Nghị định số 03/2024/NĐ-CP ngày 11/01/2024 quy định chức năng và hoạt động thanh tra chuyên ngành cho tất cả các ngành, lĩnh vực.
Nghị định số 03/2024/NĐ-CP đã giải quyết sự bất cập trong thực tiễn và đảm bảo sự thống nhất pháp luật về tổ chức của các cơ quan thanh tra thực hiện chức năng chuyên ngành và hoạt động của các cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành. Đặc biệt, Nghị định này xử lý chồng chéo, trùng lặp trong hoạt động thanh tra, kiểm toán cụ thể tại Điều 31 quy định như sau:

1. Cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành nếu phát hiện chồng chéo, trùng lặp với hoạt động kiểm toán nhà nước thì phối hợp với cơ quan kiểm toán nhà nước để xử lý theo quy định của Luật Kiểm toán nhà nước và Luật Thanh tra, bảo đảm một nội dung hoạt động của tổ chức, cá nhân chỉ là đối tượng của một cơ quan thanh tra hoặc cơ quan kiểm toán nhà nước.

2. Chồng chéo, trùng lặp trong hoạt động của cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành và các cơ quan thanh tra khác được xử lý như sau:

a) Chồng chéo, trùng lặp với hoạt động của Thanh tra Chính phủ thì Thanh tra Chính phủ tiến hành thanh tra;

b) Chồng chéo, trùng lặp với hoạt động của Thanh tra Bộ thì trao đổi với Thanh tra Bộ để xử lý; trường hợp không thống nhất được thì Thanh tra Bộ tiến hành thanh tra;

c) Chồng chéo, trùng lặp giữa hoạt động thanh tra của các Tổng cục, Cục thuộc Bộ được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành thì các Tổng cục trưởng, Cục trưởng Cục thuộc Bộ trao đổi để xử lý, trường hợp không thống nhất được thì báo cáo Bộ trưởng xem xét, quyết định;

d) Chồng chéo, trùng lặp giữa hoạt động thanh tra của Tổng cục, Cục thuộc Bộ được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành với Thanh tra tỉnh, Thanh tra sở thì Tổng cục trưởng, Cục trưởng trao đổi với Chánh Thanh tra tỉnh, Chánh Thanh tra sở để xử lý; trường hợp không thống nhất được thì Tổng cục, Cục thuộc Bộ được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành tiến hành thanh tra;

đ) Chồng chéo, trùng lặp giữa hoạt động thanh tra của Cục thuộc Tổng cục được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành, Bảo hiểm xã hội tỉnh với Thanh tra tỉnh thì Cục trưởng, Giám đốc Bảo hiểm xã hội tỉnh trao đổi với Chánh Thanh tra tỉnh để xử lý; trường hợp không thống nhất được thì Thanh tra tỉnh tiến hành thanh tra;

e) Chồng chéo, trùng lặp giữa hoạt động thanh tra của Cục thuộc Tổng cục được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành, Bảo hiểm xã hội tỉnh với Thanh tra sở thì Cục trưởng, Giám đốc Bảo hiểm xã hội tỉnh trao đổi với Chánh Thanh tra sở để xử lý; trường hợp không thống nhất được thì Cục thuộc Tổng cục được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành, Bảo hiểm xã hội tỉnh tiến hành thanh tra;

g) Chồng chéo, trùng lặp giữa hoạt động thanh tra của Cục thuộc Tổng cục được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành với Tổng cục được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành thì Cục trưởng, Tổng cục trưởng trao đổi để xử lý, trường hợp không thống nhất được thì Tổng cục tiến hành thanh tra;

h) Chồng chéo, trùng lặp giữa hoạt động của các cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành của Bộ với cơ quan thanh tra của cơ quan thuộc Chính phủ thì Thủ trưởng cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành trao đổi với Thủ trưởng cơ quan thanh tra của cơ quan thuộc Chính phủ để xử lý; trường hợp không thống nhất được thì báo cáo Tổng Thanh tra Chính phủ xem xét, quyết định;

i) Các trường hợp khác có sự chồng chéo, trùng lặp giữa hoạt động thanh tra của các cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành với nhau thì các cơ quan được giao thực hiện thanh tra chuyên ngành trao đổi để xử lý; trường hợp không thống nhất được thì cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành cấp trên tiến hành thanh tra.

3. Thanh tra Bộ, Thanh tra cơ quan thuộc Chính phủ, Thanh tra tỉnh tổng hợp, báo cáo Thanh tra Chính phủ việc xử lý chồng chéo, trùng lặp trước khi xây dựng kế hoạch thanh tra hằng năm.
Nghị định 03/2024/NĐ-CP ngày 11/01/2024 của Chính phủ quy định về cơ quan thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành và hoạt động của cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/03/2024, và bãi bỏ toàn bộ các Nghị định quy định hoạt động thanh tra chuyên ngành có liên quan đến Luật thanh tra ngày 15/11/2010./.

Trần Hoàng Anh